广医五院儿童肿瘤科，创建于2019年5月，是广州东部地区第一个儿童肿瘤治疗中心。是中山大学肿瘤防治中心儿童肿瘤科的医联体单位。两次（2019年、2020年）荣获国家“改善医疗服务质量示范科室”荣誉称号。入选2024年广州市卫健委“改善就医感受提升患者体验”百优案例。

儿童肿瘤科现有医务人员20人，医生8人，其中副主任医师1名，主治医师3名，住院医师3名，均为硕士研究生；另有外聘教授1名（中山大学肿瘤防治中心儿童肿瘤科张翼鷟教授）。开放床位30张，年收治病人达1800余人次，已开展儿童输液港置入、PICC置入，常规收治白血病、淋巴瘤、横纹肌肉瘤、神经母细胞瘤、尤文肉瘤、髓母细胞瘤、生殖细胞瘤等的化疗、放疗，同时对各种放化疗后并发症的处理有丰富的临床经验。同时与黄埔区大沙街卫生服务中心共同创建雏菊之家（广州合作病区）。开设有儿童血液肿瘤专科门诊、儿童舒缓门诊。